档案记载：同治皇帝被太医确诊为天花以后，朝廷上下宣布同治之病为天花之喜。慈禧太后按照祖上传下来的规矩，在宫内外举行供送痘神的活动，两宫太后还亲自前往景山寿皇殿祈求祖先保佑。一时间宫内到处张贴驱邪红联，养心殿供奉上了痘神娘娘，王公大臣穿着花衣，按照前三后四的说法要穿着七天，但是后来延长为十二天，意思是十二天以后就可以度过危险期。但最终同治皇帝还是没有挺过去，在天花的折磨下不治而亡。
这里人们不禁会问，按照清宫的阿哥种痘制度，同治皇帝应该是种过痘的，为什么还会死于天花？同时，人们又会想起同治皇帝的父亲咸丰皇帝，他也曾受到过天花的袭击，脸上留下了永久性的瘢痕。父子两个人都遭受过痘神的袭击，一死一伤，原因何在？对于这一疑问，现存两种说法，一种认为：两个人做阿哥时，都种过痘，但显然没有起到作用。毕竟传统的种痘方法并不能做到百分之百地有效。另外还有一种说法，就是宫中阿哥种痘制度在嘉庆以后已形同虚设，同治皇帝，甚至他的父亲咸丰皇帝，做阿哥时很可能并没有真正的种过痘。从现存的清代档案保存情况来看，乾隆以后阿哥种痘的记录无一所见，如果不是佚失的话，很容易使人对乾隆之后宫中阿哥种痘制度的执行产生怀疑。
其实在1786年，英国人詹纳已经发明了牛痘疫苗法。这种先进的牛痘法嘉庆年间已传入中国，但官方推行的还是传统的种痘法。如果当时清政府善于引进学习，将先进的牛痘疫苗法引进宫中，也许同治皇帝就不会死了。
如此看来，千百年来民间对同治皇帝死因的种种猜测和议论，清朝朝廷也未发一言，成为一个未解之谜。根据以上分析，同治死于天花的可能性要比死于梅毒的可能性大。但是，同治之死与慈禧太后干预朝政干预同治的婚姻很有关系，也与同治皇帝的过度放纵，四处寻花问柳，甚至嫖娼，用不守规矩来反抗慈禧施加的压力，有很大的关系。因此也有人认为，同治帝是被慈禧间接害死的。据御医李德立的曾孙说，同治十三年（1874年）十二月初四日午饭后，阿鲁特皇后来到东暖阁看望同治。慈禧的亲信小太监马上向慈禧报告。慈禧赶到东暖阁后，躲在帏幔后偷听。皇后毫无觉察，还一个劲地向皇帝哭诉着备受慈禧刁难的痛苦。深有同感的同治帝劝皇后先忍耐一段时间，说等到自己病好之后，皇后总会有出头的日子。慈禧听后，勃然大怒，立刻推幔闯入帷内，劈面一掌，打得皇后血流满面，惨不忍睹。同治大惊，从床上跌落到地上，顿时昏厥过去，从此病势加重，昏迷不醒。
太监急忙传御医进来把脉，但同治已牙关紧闭，滴药不进，到第二天夜晚就去世了。照这种说法，同治虽不是慈禧直接害死的，但也是被她气死的。民间对于同治皇帝的死因有种种说法，清朝官方则保持沉默，不予申辩。因此，同治到底死于什么病，成了一个历史疑案，也许我们现在已经不可能知道这个事实，往事已矣！
慈禧传奇的一生：同治帝之死
关于同治皇帝简介
同治原名叫做载淳，出生于1856年。载淳五岁就开始上学，由老师李鸿藻为他授课。几个月后，咸丰病情加重，只好提前将载淳立为太子，又封八位重臣为顾命大臣辅佐载淳即位。咸丰去世后，载淳以六岁稚龄即位。同治年纪尚小并不足以驾驭众臣，因此被母亲慈禧太后钻了空子。慈禧太后勾结恭亲王发动政变，将几位顾命大臣革职查办。慈禧太后揽权之后就开始垂帘听政，与恭亲王里应外合把持朝政。慈禧一直不肯放权，所以同治迟迟不能亲政，到了同治十七岁时，慈禧才为他娶妻。同治亲政后，以慈禧太后颐养天年为名，大兴土木建造颐和园，当时兵荒马乱，国库十分空虚，可是同治仍不听劝阻。修建颐和园耗费了大量钱财后，同治帝又开始重修圆明园，本就不济的国力更加雪上加霜。
同治在位十三年，其实掌权的时间只有短短两年，同治在位时并没有什么大作为，只是一个好逸恶劳的傀儡皇帝罢了。