电影《扫毒2》是《扫毒1》的续集，但剧情上没有任何联系，是完全独立的两个故事，人物设定也不一样，都是围绕扫毒展开的。
电影《扫毒1》描述的是从小一起长大的三兄弟马昊天、张子伟和苏建秋扫毒的事情，三人都效力于毒品调查科，但苏建秋因不能和妻子过正常生活心生退意，马昊天和张子伟劝说苏建秋最后拼一次。
苏建秋跟着毒贩老大黑柴去泰国进行交易，目标是见到八面佛，马昊天和张子伟带着其他人悄悄跟随，可泰国警方配合不利，暴露了苏建秋的身份。
苏建秋答应做完这次交易，但交易过程中发生意外，马昊天救走了苏建秋，张子伟被八面佛女儿缅娜救走并结为夫妻，张子伟深爱缅娜却忘不了使命，最后联合马昊天和苏建秋等人彻底除掉了八面佛，缅娜也因此而死。
电影《扫毒2》讲述的是地藏和墨西哥大毒枭黑吃黑引发的香港毒品市场风波，警察林正风全力以赴扫毒，慈善家兼金融巨子余顺天因小时候父亲遇害的事情悬赏追杀香港最大毒贩。
但实际上余顺天和地藏有不可告人的关系，整整二十年的同门情谊在赌局面前不值一提，林正风妻子和同事接连遇害，林正风发誓要除掉香港毒贩。