萧淑妃的下场最后就是死在武则天的手里。萧淑妃和王皇后两人的命运都是非常坎坷的，这两人最后都是死在了武则天的手里。而王皇后是先一步被武则天赐死的。
在王皇后被废黜之后萧淑妃也随即被软禁，但是这两人的这样的下场显然武则天是并不满意的，她急于将两人置之没有翻身的余地才能够心安，但是一开始对于这二人的下场的断定并不是出自武则天之手，而是唐高宗亲自贬谪的这二人。唐高宗亲自下旨废黜这二人为庶人的理由就是谋行鸩毒。
之后唐高宗就立了武则天为皇后，原本这两人被带到了太极宫的冷宫里软禁起来，而且软禁这两个人的黑牢是那种暗无天日只有一个洞口能够用来递送饭菜的，但是在武则天被立为皇后之后唐高宗又良心发现，认为对这二人的处罚过重，所以唐高宗在良心不安之下又来到了圈禁着二人的院落，看到他们被如此的对待心中突然变得难过起来，所以这也是被武则天忌惮的原因所在。
萧淑妃之所以后来的下场非常凄惨，是因为她多次在感业寺暗杀武则天，但是她没想到被派去的杀手反而被王皇后拦了下来，王皇后的目的就是想让这二人相争借武则天的手来扳倒萧淑妃，萧淑妃见一计不成所以买通尼姑来折磨武则天，这也是她后来下场的原因。