《神奇宝贝》甲贺忍蛙在第七集中进化的，忍者村发生了叛乱，小智一伙人随之被卷入其中，叛忍的头目景友想要抓住忍者村的头领半藏，逼他让位。
忍者村为了夺回首领，展开了战斗，小智为了好友三平决定加入这支战斗队伍。
在前进的路上，他们遇到了强敌兵太夫，兵太夫使用的劈斩司令曾经打败过小智的呱头蛙和皮卡丘，小智不想自己连续输在兵太夫手中两次，于是使用了呱头蛙、皮卡丘和三平的甲贺忍蛙三只神奇宝贝一起攻击劈斩司令。
但是还是打不过对方，皮卡丘受到的伤害最多，很快倒地不起，非常可怜。
劈斩司令并不就此停手，兵太夫也看出了皮卡丘的潜力，让劈斩司令乘胜追击，对皮卡丘进行残忍的攻击。三平的甲贺忍蛙已没有战斗力，就躺在皮卡丘身边，为了保护同伴，它吃力地爬起来，用手刀挡住了劈斩司令的影子钩。
在这个时候，进化之光来了，呱头蛙完成了最终进化，成了忍者贺蛙。