已开发的5个石窟中，2个大的，面积一共约4000余平方米；3个小的，面积一共近2000平方米；石窟高约30米。计算出5个石窟需开挖废石约18万立方米。凤凰山已经发现石窟24座，面积是5个石窟的4.8倍，推测总共须开挖废石约86万立方米。据专家推测，矩型入口按45米计，可容3-4个挖凿面，挖深几米后可再增加。出口只有一处，开凿出的废石必经由此出口搬运而出。初搬时距离近，10米以下距离加长坡度加陡，劳动强度增大，劳动力也同比增加。几千精壮劳力轮换施工，一锤锤、一凿凿挖下86万立方米石块，又一筐筐、一担担日日夜夜从窟底搬抬，绝非几年时间。尤其是开在石窟顶部的狭小洞口使人员进出和物品搬运极为困难，加大了施工难度，也为工程量的推算又增添了许多困难。
贾钢（上海同济大学岩土工程系教授，专门从事地下结构力学和施工组织学的研究）教授认为：龙游石窟规模巨大，因此工程难度很大。要开挖这样的石窟，需要考虑很多因素。首先，石窟的入口很小，大概只有20几平方米，而且没有其他入口。开挖的时候，先从地上开一个20多平方米的入口，然后从入口向下面挖，挖出一定深度之后再向里挖。这样一会儿向下挖，一会儿向里挖，由外向里逐渐推进。这种施工方法，很像明清时代我国西北黄土高原的一种窑的建造，那种窑叫做地坑窑。现在看来，龙游石窟是完全由人工开凿而成的。这样大型的工程，就算拿现代的科学技术手段来开挖的话，也是一个很了不起的工程，何况在没有现代机械与爆破技术的古代呢？这样浩大的地下工程，就算是在现代也是很少见的.
2、工程浩大而土石不见踪迹
开采如此巨型石窟，是一个浩大的工程，已经被开发的七个洞窟平均面积约1000平方米，高度20米，一个洞就要排出土方将近2万平方米，以50个洞计算，则共排土方100万平方米，如果是筑成一米高、一米宽的围墙可达1000公里之长。从石窟所处地理位置的地质分析来看，开采出来的石料属于质地较软的红砂岩，很难用作建材。这么多石料被运往何方了呢？
在凤凰山周围没有发现这些土石被处置的痕迹，即使是在方圆百里附近的杭州或兰溪，也找不到安置这些石料的实证。处理如此之多的石料，在没有机械工具的缘故时代，只能依靠肩抗手提，需要大批的人力投入，若以一人一天可排土方0.3立方米，则需要200万个工作日才能完成。有人作过统计，若每天投入1000人不分刮风下雨，夜以继日地工作，也需要耗费六年的时间，凤凰山当时应布满工人生活住宅。但现在人们看到的除岩石之外，只有薄土一层，没有其他任何遗迹可寻，也从未发现有古代墙基柱础的痕迹。近百万立方米的石料不见踪影，难道是集体飞到杭州成为飞来峰？
3、为何石窟侧面留有陡坡
在石窟西侧有一个预留的坡道。坡道呈凹曲状，平斜相间，自石窟洞口向下，约按36度向下伸展，直至洞底。然而细看台阶的阶差竟达到半米，斜面甚陡。这个坡道是窟底通向洞口的唯一通道，它的用途为何？很自然地，人们会想到这是出入石窟的路径，供行走或搬运石块之用。古代诸如长城、金字塔这样用巨大石块堆积而成的建筑，人们在把石料搬运到高处的时候，总是采用同一种方法。即先用土堆成一个斜坡，将石料沿斜坡推倒高处后，再将斜坡挖掉。那么龙游石窟中预留这样的斜坡，难道也是用于搬运石块的吗？
孙钧（上海同济大学土木工程系教授，从事隧道与地下工程研究和教学，1962年参与创建了《地下结构工程力学》学科）教授在这里就坡道的用意发表了自己的见解：洞口放在高处，放在小山坡的顶上，可以防止水淹，这是完全科学的。这样从洞口下来就要有个搭步，通过搭步可以顺利地出入石窟。石窟的这个搭步看起来非常陡、非常高。现在我们在顶上注入水泥，用砖砌起来，这样才能自如的行走，而以前没有这个。当时人怎么上下，石料怎么运出，这些经过现在全没有搞清楚，到现在还是一个谜。
现代的工人们尝试着在坡道上搬运与龙游石窟地下材料相同的石块。尽管他们选择了陡坡中最缓的部分，可仍然十分吃力。窟底留有一块古人遗留下来的不完整的石料，可就是这块不完整的石料重量也已经超过240公斤。古人是如何将这些重达千斤的巨大石料搬运出去的呢？
更大的疑问出现在坡道的最上端：陡坡最上层的台阶距洞口高达4米，在这里根本无法行走或搬运石料了。这么大的阶差究竟是出于什么考虑呢？在尚未搞明古人为何建造高阶差坡道的原因时，在5号洞又发现了古人在坡道上铺垫石块形成的台阶。为什么坡道不一次造成？难道古人的计算出现了失误？究竟那种阶差尺寸适合古人？坡道究竟是做什么用的？
4、岩壁石刻含义不明
在一号石窟的岩壁上有鱼、鸟、马三种动物的石雕图案，成不规则排列，是七个石窟中仅有的工艺痕迹。虽然都是未完工的雏形，但其刻画的线条及造型极为古拙，似乎出自远古时代的工匠之手。
有专家分析，岩画上的鸟为长颈类动物，从它的嘴巴及眼睛来分析，像是生活在侏罗纪时代的始祖鸟，正在引颈高歌或觅食；马雕刻得很清晰，似乎是野马，正在奔跑，马头高昂，马尾扬起，四蹄腾空；鱼只有一个头部，宽阔得嘴巴比一般鱼类大得多，眼睛长在头顶上，如同古代传说中得鳖鱼，正在张嘴觅食，水中浪花依稀可见。三种动物皆属远古时代之动物，说明石窟开凿的年代距今十分遥远。想象丰富一点，可以把这三种动物，看作海陆空的象征。但具体是何时何人为何所刻，不得而知。
二号洞窟的岩画位于南部石壁，面积较大，几乎占了整个石壁的二分之一。乍看好像是石壁上的天然裂缝，仔细观察则可以发现是人工有意为之，刻痕达5厘米之深，是用锋利的工具斧凿而成。图案由横竖不一的闪电型线条组成，还有点近似于契形文字。这些抽象的岩画在国内外属于首次发现，表现手法也颇为奇特。这些粗犷的石刻线条究竟象征着什么？是原始图腾还是要待解的密码？