幕后黑手不止一个，除了一心想要继承皇位的萧元启之外，还有大梁荀皇后、舅舅墨淄侯，另外还有一个大boss就是濮阳缨。虽然这些人各怀鬼胎，但是都想要推翻大梁国。
风起长林是发生在《琅琊榜1》后面的故事，主要是以萧景瑜遗腹子萧庭生展开线索。萧庭生被梅长苏救出掖幽庭后，一直被萧景琰收养，后来被封为长林军主帅，膝下有两子，长子萧平章并非亲生，但是却被封为副帅，一直守卫大梁边境和长林府上下。大梁表面上看似乎还算平静，事实上早已风起云涌，背后有一干人都想要算计。
剧中一开始看到萧元启似乎温文尔雅，不像是宵小之辈。但是从莱阳夫人死后，萧元启就开始了黑化。萧元启的父亲是莱阳王，自己也是皇子，而一直不受重视，而且他的真正身份也很隐秘。萧元启一心想要挤掉太子，自己将来可以继承皇位，这个举动也受到了自己的舅舅——东海墨淄侯的帮助。墨淄侯是琅琊榜排名第一的高手，有他的帮助，萧元启更是锦上添花，两人狼狈为奸开始一心想要推翻梁国。
而另一方面荀皇后被别人利用，也一直在推动事态的发展。濮阳缨表面上看似在为荀皇后做事，事实上只是利用，他真正的目的是想要推翻大梁国，报灭国之仇。风起长林整个故事就是这样展开的，长林军一直在和这帮人做斗争，保护大梁国。