据不完全统计：《大侦探皮卡丘》中出现的神奇宝贝有皮卡丘，妙蛙种子，杰尼龟，胖丁，可达鸭，喷火龙，小火龙，超梦，卡比兽，吸盘魔偶，甲贺忍蛙，吼爆弹，乐天河童，布鲁，长尾怪手，卡拉卡拉，大舌头，火精灵，怪力，嘟嘟利，卡蒂狗，风速狗，水箭龟、耿鬼，顽皮熊猫，电电虫，灯罩夜菇，帝牙卢卡（迪亚鲁加），帕路奇亚，泥偶巨人，毛头小鹰。另外还有出现在商店门口的图标：乌波，百合根娃娃，绵绵糖球，比克提尼。
其中令人最为期待的应该是超梦。超梦在游戏《精灵宝可梦》中就是一个boss级别的存在，它根据梦幻克隆加改造之后所产生的，超梦有着强大的超能力，能够通过心灵控制，也就是所谓读心术，跟人类进行对话。
而它本身有着超强的自愈能力，就算被打得像是在垂死边缘，也能够迅速恢复身体的状态。另外，超梦还可以通过高科技克隆出其他的宝可梦，其能力要远远超越于本体。超梦也是很多80-90年代人所追崇的一个宝可梦。