在清洗美甲笔的时候，将笔尖全部没入洗笔筒的洗笔水当中浸泡一段时间，之后将笔尖放在隔片刮一刮，拿出笔用纸巾擦干即可。在没有洗笔水的情况下，可以用卸甲水来代替，洗过笔后一定要完全擦干，否则卸甲水当中的成分会侵蚀到美甲笔。
如果美甲笔上涂抹的是颜料类的指甲油，可以先利用干净的纸巾或毛巾擦去笔上留下的颜料残渣，然后再利用水从笔尖到笔根彻底的冲刷一遍，用手轻柔的将肥皂搓起泡，将笔放在掌心轻轻按压后在把笔尖浸泡到清水当中洗干净，最后用纸巾擦干即可。在清洗美甲笔的过程中，双手要保持绝对的干净。
清洗美甲笔后要完全擦干，擦干后的美甲笔要涂抹营养油进行保养，盖上原装的笔盖后放在阴凉通风的地方。如果在下次使用美甲笔的时候发现有开叉的现象，则可以利用剪刀将开叉的笔毛剪掉，如果开叉太多就应该扔掉，换一只新的美甲笔。
存放美甲笔的时候要以笔毛朝上的原则，存放的地点要保证不会轻易碰到美甲笔，摔地上对美甲笔伤害特别大。在第二次使用美甲笔的时候也要记得，用干净的纸巾将上一次使用之后的保养营养油擦拭干净，否则使用美甲笔的时候会导致不好上色的情况。