防水型眉笔在卸妆的时候应当用倒入卸妆油的卸妆棉湿敷在眉毛部位。这样的操作能够让眉笔的防水成分被溶解，然后用卸妆棉轻轻擦拭就能够卸掉所有的眉笔成分了。
防水型的眉笔尤其适合油性皮肤，因为油性皮肤大多数出油旺盛很容易掉妆，在使用这种眉笔之后就能够很大程度上的让眉妆保留的更加持久，而且还能让妆容不会轻易被擦掉。如果油性皮肤用了普通的眉笔，那么很可能会在出油之后让眉妆变的更浅，还可能会因为双手不经意的触摸将眉妆轻易的擦掉。
所以防水型的眉笔更适合油性皮肤，对于干性皮肤来说普通的眉笔足够使用了。但在卸妆时普通的眉笔只用卸妆水或者卸妆油就足够卸妆，而防水的眉笔需要用卸妆棉配合卸妆油湿敷，只有让防水型眉笔被充分滋润溶解那么才可以轻易的擦掉它，否则这种类型的眉笔会很难卸掉。在卸妆之后还需要用洗面奶再一次揉搓一下眉毛的部位，以防止残留的眉笔成分污染皮肤。
防水的每笔一般只溶于油，卸妆水基本上起到的作用很小。如果使用的是水油分离的卸妆油，那么可以在摇匀之后再卸妆效果会更好。而这种类型的眉笔不建议经常使用，可以在重要场合时作为救急产品使用。