大蛇丸杀死三代是因为三代想阻止他破坏村子。在日本著名的漫画《火影忍者》中大蛇丸父母被别人残忍杀害后大蛇丸就彻底黑化，变成了一个非常自私、为了自己的利益不顾一切手段的反派角色。在一次攻击村子的行动中大蛇丸想要破坏村子，而大蛇丸的师父因为想要阻止大蛇丸破坏村子,就被大蛇丸残忍杀害了。
三代是大蛇丸的师父，后来却因为阻拦大蛇丸破坏村子被大蛇丸杀死了。其实大蛇丸和三代之间并没有仇恨，并没有对自己的师父怀恨在心，大蛇丸杀死三代也有利于增强自己的忍道，使自己在忍者的道路上更加坚定，不被感情束缚。
《火影忍者》中的大蛇丸是原火之国木叶隐村的三大忍者之一，著名忍者三代的徒弟，武功高强而且非常聪明，而且还拥有着不死之身，大蛇丸热衷于研究忍者之术，非常渴望拥有写轮眼，大蛇丸的一生都热衷于研究永生之术，刚开始的时候遭到了别人的反对，后来大蛇丸被允许在不伤害他人的情况下研究永生之术。
大蛇丸的师父三代其实对大蛇丸非常好，大蛇丸本来也不想伤害三代，但是最终三代却成为了大蛇丸成为忍者道路上的阻碍，因为忍者是不能被感情束缚的，所以大蛇丸杀害了自己的师父。