先知预测到了被同化的事情，在事情到来时先知笑了。《黑客帝国》是一场漫长的寻求自由的故事，人类的城市危在旦夕，如潮水般的电子乌贼，主角们要和入侵者们展开一场生死的争斗。
矩阵中尼奥是一个工程师，他是黑客，被墨菲斯找到后，他走出了矩阵，来到真实的人类世界。他以为自己是“救世主”，是帮助一直受矩阵控制的人类，摆脱痛苦让人类脱离矩阵，但尼奥一直被史密斯阻挠。
当人类的文明发展一定阶段后，机器必将代替人类，机器也渐渐摆脱了人类的控制。这是一场人机大战。故事中机器人胜利，机器人将人类分成了两组，一部分成为了地心的一个溶洞锡安里中，这里生活的人类是地球的原著民。
另一部分人，他们不知道外面的世界，不知道曾经的一切，他们生活在一个虚拟的世界中，机器人需要他们帮助机器人提供生物电。只有生活在虚拟世界中的人类一直有活动有死来的能力，他们的大脑一直在运作，才能不断的产生生物电。锡安里的人想解救虚拟世界中的人类，他们费尽了心思，想要进入虚拟世界，帮助他们脱离出虚幻的世界。他们能够走出虚拟的世界，和机器人之间的斗争什么时候会有个终结。