基督教石碑之谜首先引起风波的是“大秦景教流行中国碑”是真实的还是伪造的?中国的学者一直未对景教碑的真实性提出怀疑，最早提出质疑的是一些欧、美国家的知名人。例如大文豪伏尔泰就曾嘲笑景教碑是耶稣会教士受传教不顺的困惑而想出的一个办法，他们伪造了景教碑并把它埋人地下，这是一种“虔敬的骗术”;到了19世纪，一些法国、美国的汉学家还延续这一说法，认为此碑是伪造的。
1880年，着名的英国《泰晤上报》不仅说景教碑是伪造的，还对发现景教碑一事进行了猛烈的抨击。但早期的基督教徒对景教碑做了详细的研究，认为无论从碑文本身，还是从唐代基督教聂斯脱利派在东方传教的历史背景看，都能证明景教碑绝对不是伪造的。这场争论持续了许多年，迄今风波巳经平息，景教碑确凿无伪巳成为一种定论。
引起第二个风波的是“大秦景教流行中国碑”何时被埋人地下?因何原因而被埋人地下?碑文本身巳明确记载了碑建成于公元781年，但公元845年唐武宗下令灭佛后，此碑就莫名其妙地消失了，直到1625年才重见天日，这中间有关景教碑的情况，史书无一字记载。
“大秦景教流行中国碑”是世界上四大碑刻之一。它的发现使我们看到一个这样的历史事实：那就是早在一千多年前的唐代，基督教已经传人中国。而一个新的问题又摆在我们面前：基督教最早是什么时候传人中国的?是通过什么渠道传人中国的?基督教石碑之谜需要更多的发现和更多的探索。