百妖谱小和尚的身世是从小在金佛寺长大，在金佛寺遇到灾难以后，鬼医桃夭救出了小和尚并且收养了他，两个人一起生活在桃都。但是与此同时小和尚的身体也不再长大，后来他离开了桃都，和桃夭以及另外的一个人一起云游四海。在这条江湖路上，他们遇到了很多奇怪的事情也遇到了很多人，终于知道了人生的真谛。
这部漫画主要讲述了鬼医桃夭和自己收养的小和尚以及柳公子一起行走江湖，四处帮妖怪治病的故事。柳公子的身份非常的特别，他是一个蛇妖，但是他却并没有什么坏心思，一心只想着治病救人，而桃夭是他最好的朋友，两个人结伴行走，少了很多的危险。
桃夭是一个性格大大咧咧的女人，她非常爱开玩笑，但是骨子里却非常善良，讨喜却又不做作。一开始她就在金佛寺内救下了马上要流离失所的小和尚，小和尚那个时候受苦受难，也并不知道自己的真实身世，更不知道桃夭为什么在众人中独独选中了他。
他自认为自己没有什么特别的，别人都管他叫做废物，而且他的身体也不能够再继续长大，要这样一个人在身边着实是没有什么作用。可是桃夭却非常喜欢小和尚的开朗与热情，不仅把他带在身边，还教会了他很多东西。