长门的轮回眼是宇智波斑给的。在《火影忍者》中，宇智波斑通过转移之术，把轮回眼给了长门身上，他并不是盲目给予，而是另有计划。他的最终目的是要在未来实行月之眼计划。长门是千漩涡一族的后裔，这一族是千手一族的远亲。宇智波斑希望长门能够在日后用回天之术复活自己，于是长门就拥有了宇智波斑赋予他的轮回眼。
长门母亲的血统是出身于漩涡一族，雨隐之村的首领以前曾经是半藏，后来长门当上了新任的首领。长门拥有了轮回眼的强大能力，他还成为了佩恩六道的实际操控者。他本来是第二次忍界大战中雨隐村的一名战争孤儿，在那场激烈的大战中，长门的父母皆死于战争中，长门也由此成为了一名孤苦无依的孤儿。
因为长门的身上有着漩涡一族的血统，因此被宇智波斑选中，给予他一双轮回眼。希望他在成年之后，可以利用轮回天生之术，将自己复活。长门的一生比较悲惨，不仅经历了父母双亡，还经历了弥彦之死，这两件事情都带给了他极大的痛楚。
后来在宇智波斑的影响下，长门决定在痛苦的轮回中，孕育和平与希望的生命。后来他使用了轮回眼的能力，用强大的天生之术将在一战中死去的人复活，并且把自己的意志托付给鸣人，之后就因为心力耗尽导致死亡。轮回眼的能力被称为三大瞳术之一，也是掌控生死之眼的最高瞳力。它既有创世的能力，也同时具备灭世能力。