萧元启最后惨死了。萧平旌带兵杀进皇宫与萧元启展开决斗，萧元启最终因为功夫不如萧平旌，只是击中了萧平旌手上的赤焰手环，反而被萧平旌一剑刺至重伤，萧元启大败。后来萧元时下令由岳银川来斩杀萧元启，而萧元启死后被乱枪戳身。
萧元启本是个内心纯良、心怀热血与正义的青年，即使面对生活境遇的不平也仍是心怀善良与宽容。但是他母亲的死亡对他来说打击巨大。萧元启的母亲是莱阳夫人。莱阳夫人被人杀死却得不到妥善的安葬，这件事令萧元启感到愤懑不平。加上濮阳缨、荀白水和墨淄侯对其进行蛊惑利诱，最终萧元启开始黑化。萧元启开始渴望权利，于是给萧平旌设下一个又一个陷阱与圈套。
萧元启最后还走上了出卖国家情报、叛国谋逆的道路。他受墨淄侯挑唆，将大梁的机密情报给了敌国，最终引得敌兵攻入大梁国内。这样的时局逼得萧平旌重新起兵上战场。萧元启带兵杀进皇宫，欲当众逼荀皇后自杀，并且废萧元时而自立为帝。萧平旌及时带兵前来，萧元启才没有成功。之后萧元启满城追杀前来解救萧元时的萧平旌与荀飞盏，并在长林王府以墨淄侯的绝世武功金乌水月将荀飞盏重伤。但萧平旌却带着萧元时经密室进入苏宅而得以逃脱。
最后萧平旌带兵杀进皇宫，在大殿上跟萧元启决斗。萧元启因功夫不敌萧平旌，而被萧平旌一剑重伤。萧元启死前将自己收集到的墨淄侯与东海国的资料交给萧平旌，以此报答当年萧庭生的教导之恩。最后萧元启落得惨死的下场。