李毓芬多次被拍到和柯震东同进出，疑似低调交往了2年。尽管双方一度曝情断，但2019年9月再传出二人已悄悄复合3个月，并被拍到深夜相约吃饭的画面，只是双方始终未肯正面回应恋情。李毓芬接受访问，终于松口认了有过两段情，是“大家知道的那两个”，也坦言恋爱中的自己“很需要安全感，也会配合对方”。
据报道，柯震东先前曾透露，爆发吸毒事件时，李毓芬是“没有那么熟的好朋友中，会传简讯给我的，是那段时间比较常见面的朋友。”双方因而变得亲近，之后换李毓芬遭遇重大打击，和她亲如姐妹的经纪人Amanda因脑中风去世，突如其来的死讯让她很不能接受，还未从走出风波的柯震东反过来关心她，“他（柯震东）知道我因为这件事情走不出去”，互相陪伴走过人生低潮，她坦言对方是“很重要的朋友”。
对于外界所传的恋情，李毓芬先是忍不住抱怨：“外界认为我可能一直有很多感情，绯闻很多，但我的对象真的很少耶。”后来才吐实只有过两个交往对象，且就是“大家都知道的那两个”。事实上，她自出道以来绯闻真的不多，仅和罗志祥、柯震东有传出过恋情，罗和柯她都没有公开承认过，她表示现在“真的没有可以公开的，等到很稳定，双方有共识就会那样做。”
另外，个性大喇喇的李毓芬说，平时还是会拍亲昵放闪照，只是不会放在社交账号上给别人看，“自己的相机、手机里面有就好了，自己的生活有自己的模式就好，可能我比较MAN吧。”她也认真地表示，不是不愿意公开恋情，“但真的还没有到那个程度”。至于恋爱中的自己，她坦言：“我蛮需要安全感，也蛮会配合对方的，需要什么安全的环境，我觉得两个人都可以配合”。
据报导，柯震东日前因为赴泰国拍新片《再见瓦城》，和李毓芬相处时间越来越少，多半靠简讯和电话连络，远距离的关系导致摩擦变多。他们俩身边亲近友人证实，2人已于1个月多前分手，一开始是因小事起争执，女方因为拍戏繁忙，男方则因为没有工作，夜里时常往外跑，因而产生误会，最终导致分手。
不过，柯震东方面并没有这么简单，他分手后因心情沮丧，便和好友房祖名等人一起出去玩，借此买醉疗伤，却在聚会中认识了曾和吴克群交往了4年的前女友何超莲。即便他已经和李毓芬分手，不过事情传到女方耳里，对方仍听得相当不是滋味，而他也为自己喝醉后的行为感到后悔，向对方道歉。
柯震东和李毓芬被曝分手后悄复合近3个月，疑似重修旧好。柯震东被拍到和赌王千金何超莲搭肩拉手进KTV，让地下女友李毓芬简直气炸，因而曝出分手，分手后，柯震东没多久便飞往横店拍新戏《舞樱》，本以为远距离分别，连挽回的可能性都受限降低，没想到，据刚出刊的台湾媒体报道，他俩早已悄悄复合，整理复合之因，阿东可能搬出3大绝招：一是他送她的爱犬生病，为此打开话匣子；二是阿东身在横店地处偏远，晚上有大把时间专心频繁以简讯、网络电话动之以情；三是25岁的阿东毕竟有错在先，可能装萌放低姿态，求得原谅。
不过，李毓芬日前出席活动被问此事，她否认说：“哪来的消息，没有啊，只是好朋友。”柯震东因人正在威尼斯影展，经纪人以私人生活不过问为由，没有回应。
但先前曾传李毓芬有唱片公司“禁爱令”，不能冒出恋情绯闻破坏她宅男女神的形象，难怪她没法承认。尤其她首支单曲《是我不够好》在YouTube已破2000万次点阅，是她在Dream Girls时代也不曾创下的佳绩，她和公司都十分看重下一步，所以更不可能在此时让绯闻干扰音乐事业，所以对恋情一事三缄其口。