显微镜的使用方法分为四步。第一步是取镜和安放 ，第二步是对光，第三步是观察，第四步为整理。
取镜和安放 ：1.右手握住镜臂，左手托住镜座。2.把显微镜放在实验台上，略偏左(显微镜放在距实验台边缘7厘米左右处)。安装好目镜和物镜。
对光:1.转动转换器，使低倍物镜对准通光孔(物镜的前端与载物台要保持2厘米的距离)。2.把一个较大的光圈对准通光孔。左眼注视目镜内(右眼睁开，便于以后同时画图)。转动反光镜，使光线通过通光孔反射到镜筒内。通过目镜，可以看到白亮的视野。
观察:1.把所要观察的玻片标本(也可以用印有6字的薄纸片制成)放在载物台上，用压片夹压住，标本要正对通光孔的中心。2.转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓下降，直到物镜接近玻片标本为止(眼睛看着物镜，以免物镜碰到玻片标本)。3.左眼向目镜内看，同时反方向转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓上升，直到看清物像为止。再略微转动细准焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
整理:实验完毕，把显微镜的外表擦拭干净。转动转换器，把两个物镜偏到两旁，并将镜筒缓缓下降到最低处，反光镜竖直放置。最后把显微镜放进镜箱里，送回原处。
