文昌鱼
动物的进化是从无脊椎动物到脊椎动物，而脊椎动物中的进化依次排列为文昌鱼鱼类两栖类爬行类分别进化成鸟类和哺乳类，原始哺乳类进化成人类。因此，鱼类的祖先是文昌鱼。
由原始鱼到现代鱼的进化：按说每一种动物都有 它的祖先。鱼类的祖先是 文昌鱼，从狭意的角度上可以这么说。但是我们也可以饶有趣味地这么说：动物的进化是从无脊椎动物到脊椎动物，而脊椎动物中的进化依次排列为文昌鱼鱼类两栖类爬行类鸟类哺乳类人类。
鱼的起源很早，在世界上还没有人类的时候，鱼类就生活在海洋里了。虽然在数亿年的演化过程中有一些古老的种类已经灭绝，但另有其它新兴的种类继之产生。据文献记载，鱼最初发现于据今四亿年的奥陶纪地层，但所得到的那时鱼类的化石是不完整的，一直到了志留纪晚期，才完整地获取了关于化石及早期脊椎动物关系的概念。泥盆纪时，各种古今鱼均已出现。泥盆纪时代既可谓是鱼的初生年代，也是鱼的极盛时代，当时，由于其它的脊椎动物还不多，所以有人把泥盆纪称为鱼的时代。到了新生代，各群鱼类十分繁多，成为脊椎动物中最大的类群，为鱼类的发展史中的全盛时代。
从泥盆纪所取得的化石分析，古代鱼类可分为四大类：无颌类、盾皮类、软骨鱼类、及硬骨鱼类。无颌类动物在志留纪及泥盆纪中最多，被公认为最早的脊椎动物，化石的无颌类的身体几乎被厚硬骨板及硬的东西包被，故称为甲胄鱼类。盾皮鱼类是最早的有颌类，它们泥盆纪时盛极一时，但到了末期则大部分绝灭。有人认为软骨鱼类及硬骨鱼类是由盾皮类沿两个方向演变而来，但至今仍无证据证实。软骨鱼类被认为是最原始的鱼类，但一般认为软骨鱼类与硬骨鱼类是两支平行发展的分支。最早的硬骨鱼类是古鳕类，再由此演变现存的绝大多数的硬骨鱼类。硬骨鱼类中的内鼻孔鱼类的典型原始类型代表是双鳍鱼与和骨鳞鱼，后者是最早的泥盆纪的总鳍鱼类。而总鳍鱼类又被认为是最早的两栖类的直接祖先。
1938年12月22日，有人在非洲东南沿岸捕到一条大鱼，其身长1.5米，重58公斤，后经专家研究与确认，认为这条鱼应属总鳍目的一个新的科，至此，人们终于把已绝迹的鱼找了回来，后来此鱼被命名为拉蒂迈鱼（即矛尾鱼）。矛尾鱼这种活化石的出现给了我们很大的启示。大家都知道，人类是经过漫长的历程进化而来的；鱼类上陆进化为两栖类，然后完全脱离水域进化为陆地是的爬行类和哺乳类，最后才进化为人类。具体地说，总鳍鱼类分为两支，其中一支（骨鳞鱼类）脱离了水域。逐步进化为人；另一支比较保守（空棘鱼类），始终没有离开水。如今的矛尾鱼类就是后者的后代。矛尾鱼这种活化石为我们提供许多无法从化石材料中获取的情况。
现存的最低等脊索动物，如海鞘、文昌鱼等，由于体内还没有坚硬的骨骼，至今还没有发现它们的化石祖先。因此，关于脊索动物的起源，只能用比较解剖学和胚胎学的证据来进行推测。
脊椎动物的进化可以分为三个大阶段：第一阶段是在水中的进化，也就是鱼类（软骨鱼和硬骨鱼）的进化；第二阶段是从水中到陆地上的进化，即两栖类和爬行类的进化；第三阶段是由爬行类进化出来的两支高等脊椎动物，鸟类和兽类的进化。