《顶楼》尹室长帮女主是因为他觉得对不起女主。当初沈秀莲生下女儿闵雪雅，但是周丹泰却安排自己的心腹手下尹室长将孩子调包。尹室长将周丹泰随便买来的一个有病的孩子与沈秀莲的亲生女儿进行了调包。但是尹室长并没有将这个孩子杀死，后来他之所以帮助沈秀莲与周丹泰作对，是因为他觉得对不起沈秀莲。
从尹室长的表现来看，他并不是一个十恶不赦的坏人。当年虽然周丹泰支持她将孩子杀死，但是他不忍心杀死如此小的孩子，就把孩子放在了孤儿院的门口。正是因为尹室长的一念之仁，所以才有了长大成人的闵雪雅，但是尹室长还是为当年自己掉包孩子的事情，感觉有愧于沈秀莲。
所以当沈秀莲开始调查女儿的死因，并且开始与周丹泰对抗之后，尹室长选择了站在沈秀莲一边。虽然尹室长曾经帮助周丹泰做了许多缺德的事情，但是随着年龄的增长，他的心里越来越感到不安。周丹泰却又得寸进尺提出要求，让尹室长杀死此时正在医院里躺着、虚弱不堪的周慧仁的生命，更是引起了他的反感。
尹室长亲眼目睹了沈秀莲在这十几年的时间里，尽心尽力地照顾这个并不是自己亲生的孩子。沈秀莲已经完全把这个孩子当成自己的亲生骨肉，如果这时候把这个孩子杀死，无疑是让沈秀莲陷入极度崩溃之中。所以在关键的时刻，尹室长并没有听从周丹泰的安排，反而站在了沈秀莲一边。