本身它们是合作关系，它们的存在是为了更好的帮助皇帝处理各种事务，但人都是有野心的，锦衣卫、东厂、西厂的负责人都想让自己的机构成为皇帝最信任的，所以在合作关系的同时，他们私下也有竞争关系甚至是敌对的。
锦衣卫最早是皇帝侍卫组成的机构，刚开始它的主要作用就是负责皇帝的安全以及巡查缉捕，这是一个直接隶属于皇帝的机构，刚开始锦衣卫的权力是非常大的，可以直接逮捕任何嫌疑人甚至是皇亲国戚。当然除了这一些作用锦衣卫还需要参与到国家战争中，甚至具有特务功能，收集信息，策反敌国将领。
东厂是明成祖朱棣设立的，东厂的首领被称为督主，因为本身明成祖的皇位来历就不光彩，他之所以建立东厂就是为了更好地监督文武百官和百姓，那么这个文武百官就包括锦衣卫。而东厂的督主一般是皇帝最信任的司礼监太监担任，如果东厂想要除掉一个人的话，除了拿出证据之外，向皇上“打小报告”也是可以的。
西厂是明宪宗朱见深成立的，东厂出现之后锦衣卫的地位就直线下降，而西厂出现之后权利又超过了东厂，而且它的领导者在朝堂上拥有更多的权利，也正是因此所以后来导致了文武百官的抵制，使得西厂的辉煌只持续了两任提督。而本身明宪宗设立西厂是为了更好的掌管京城内外的情况，但西厂的持有人却利用西厂铲除自己的对手，甚至残害忠良，所以最终被废掉了。