《南烟斋笔录》讲述的是陆曼笙和叶申合作为痴男怨女排解心结的故事。
白领唐曼事业和爱情遭受重创，辞职后回老家休假，偶然间发现一本旧书稿《南烟斋笔录》，这本书讲述的是清末民初的故事，女主角叫陆曼笙，男主角叫叶申。
陆曼笙是香料店南烟斋的主人，擅长制香，能做出带有不同功能的香料，陆曼笙是个灵媒，能沟通生死，常为痴男怨女解决爱情的有仇，找陆曼笙解决问题的除了普通人还有鬼混和妖怪。
叶申是爱国青年（电视剧中是针灸高手），同样可以沟通生死，和陆曼笙一起为深陷苦难的情侣提供帮助，二人日久生情，一边帮助别人，一边寻找自我价值。
原著漫画一共有三十话，是各不相同的爱情故事，由陆曼笙和叶申的爱情故事串联起来，分别是《橘续》、《迭香》、《迟暮》、《桃萦》、《昙逝》、《江涸》、《朝暮》和《双生》等，都是凄美爱情故事，主角是人、妖、鬼。
原著漫画没有画完，作者就和工作室解约了，停止更新，所以原著漫画没有结局，电视剧结局是陆曼笙和叶申在一起了，唐曼通过这本书有所感悟，积极面对生活。