韩剧《隐秘而伟大》的结局是元流焕身中数枪，在楼顶天台和朝鲜国派来的人一起从高楼跃下同归于尽了。主人公元流焕是北朝鲜的间谍，为了能够让自己的国家获得更多敌国的机密信息，所以他接受了卧底的任务。他潜入了某一个村庄，由于他能说会道又比较有亲和力，所以和当地的村民关系很好，并且暗暗收集了民众的政治倾向。
作为一个卧底，他定时向自己的国家汇报近期的工作内容，作为间谍组织的领导人，他有着坚定的毅力，无论发生什么样的事情，他都只会效忠于自己的国家，维护祖国的安全。但是在当卧底的过程中，他与化身为吉他手的其他两位间谍成为了好朋友，并且一起执行了很多任务。
但是和首尔这一群热心并且朴实的市民接触一段时间以后，他们三个人的观念却发生了改变，他们不知道自己现在所做的事情究竟是对是错。看到人民生活的如此幸福，他们觉得自己不应该打扰这些人。
可他们的叛变想法却被自己国家的人知道了，这些人派来了专门的杀手，想要和他们进行最后的谈判。因为三个人已经外出很久，又有了属于自己的根据地，所以双方的斗争一直非常激烈，最后男主和自己国家派来的人一起在天台同归于尽了。