美妆蛋可以用卸妆水清洗。美妆蛋虽然是质地比较细腻柔软的海绵制成。但是再细腻的质地表面上也会有许多小细孔，这些小细孔在用美妆蛋上妆的时候会吸取大量的化妆品。这样就会导致在上完妆的同时，美妆蛋的内部就会有许多化妆产品。
这些过多的化妆品残留物如果长时间存在于美妆蛋中，就会加速美妆蛋的发霉变质情况。所以美妆蛋在使用一段时间后就要定期的进行清洗。清洗美妆蛋并不是用普通的肥皂水或者洗衣粉就可以清洗干净的。美妆蛋中含有许多油脂类的物质，因此要用专用的工具来清洗。
比如可以用卸妆水或者卸妆油来清洗美妆蛋。清洗的时候要将美妆蛋泡在卸妆水和温水的混合物中。将美妆蛋轻轻的揉捏，使它内部的化妆品残留物被清洗干净。然后再用清水反复的冲洗美妆蛋，直到再也挤不出脏水的时候，就说明已经清洗干净了。
美妆蛋在清洗完之后不要放在阳光直射的地方进行暴晒。可以先用干净的纸巾或者干爽的毛巾裹住美妆蛋，吸干它表面的水分，然后再放在阴凉干燥的地方进行晾晒。美妆蛋也不宜过于频繁的进行清洗，经常化妆的女生可以在一周内清洗二到三次。清洗次数过多也会损坏美妆蛋的柔软度与质感。