李健曾表示之所以离开水木年华，是因为他和成员卢庚戌在未来发展和音乐理念上有分歧，再加上感觉自己有点不适应这样的工作环境，于是他才选择里离开水木年华。
水木年华是在2001年4月份，由卢庚戌和李健创立的组合，歌曲的风格偏向人文民谣，之所以取名为“水木年华”是取决于“水木清华”，该组合前后共有四名成员，都是清华大学的毕业生，李健和卢庚戌也因为这个原因给这个组合取名为“水木年华”。
水木年华在2001年9月份发行了组合首张专辑《一生有你》，并以专辑中的同名主打歌《一生有你》迅速走红，其中专辑中的《轻舞飞扬》这首歌还被选为了电视剧《第一次亲密接触》的主题曲，水木年华一经出道就在当年获得了多个最佳新人奖项。
在水木年华会红的时候，在2002年李健选择的退出该组合，离开水木年华后李健很长时间一直不温不火，直到2010年王菲在中央电视台春晚联欢晚会上演唱了李健的歌曲《传奇》后，李健才逐渐被大家所熟知。直到在2019年以评委老师的身份参加了《中国好声音》，因为讲话幽默，与他的外表极具反差萌，也因此收获了很高的人气。